Here is the following dataframe with only one row. In most cases the dataframes comes with many rows but came across one special case where i had only one row.
library(reshape2)
temp <- structure(list(D0 = 0, D2 = 0, D14 = 0, D14 = 0, D14 = 8.1210458037618,
D14 = 16.4531432694911, D7 = 0, D0 = 0, D0 = 0, D14 = 0,
D0 = 0, D14 = 0, D7 = 12.9742361276578, D0 = 9.38010319990484,
D14 = 6.35545262547878, D2 = 0, D14 = 1.35569798573994, D7 = 13.340409178823,
D2 = 9.36805417941219, D2 = 15.432692223528, D14 = 0, D0 = 0,
D14 = 0, D7 = 6.09471835659014, D7 = 0, D2 = 0, D2 = 7.67135586471563,
D14 = 28.1073822991286, D14 = 0, D2 = 7.58819062711938, D7 = 0,
D0 = 1.5735281713825, D0 = 0, D7 = 1.86165503278318, D7 = 5.35571350639711,
D2 = 2.47400939410094, D14 = 21.3059220365934, D0 = 0, D7 = 8.69569412672166,
D0 = 0, D14 = 0, D2 = 0.531180424946459, D0 = 3.42867314180642,
D0 = 0, D2 = 0, D14 = 0, D7 = 0.775767964360802, D0 = 2.59382750787083,
D7 = 0.600664752805997, D2 = 7.35512462974749, D14 = 2.30110773119572,
D7 = 3.23850639812659, D0 = 0, D7 = 0.958981742285896, D2 = 3.84623208865623,
D2 = 2.70323099283864, D7 = 1.65260222673919, D0 = 0, D2 = 4.00782923944589,
D7 = 5.65802187007992, D0 = 0, D0 = 0, D7 = 0, phylum = structure(1L, .Label = "Acidobacteria", class = "factor")), row.names = 14L, class = "data.frame")
> temp
D0 D2 D14 D14 D14 D14 D7 D0 D0 D14 D0 D14 D7 D0 D14 D2 D14 D7 D2
14 0 0 0 0 8.121046 16.45314 0 0 0 0 0 0 12.97424 9.380103 6.355453 0 1.355698 13.34041 9.368054
D2 D14 D0 D14 D7 D7 D2 D2 D14 D14 D2 D7 D0 D0 D7 D7 D2
14 15.43269 0 0 0 6.094718 0 0 7.671356 28.10738 0 7.588191 0 1.573528 0 1.861655 5.355714 2.474009
D14 D0 D7 D0 D14 D2 D0 D0 D2 D14 D7 D0 D7 D2 D14 D7 D0
14 21.30592 0 8.695694 0 0 0.5311804 3.428673 0 0 0 0.775768 2.593828 0.6006648 7.355125 2.301108 3.238506 0
D7 D2 D2 D7 D0 D2 D7 D0 D0 D7 phylum
14 0.9589817 3.846232 2.703231 1.652602 0 4.007829 5.658022 0 0 0 Acidobacteria
I´m running a melt function to aggregate data by phylum as follows (this will be next used to plot data with ggplot)
> reshape2::melt(temp,id="phylum")
phylum variable value
1 Acidobacteria D0 0
2 Acidobacteria D2 0
3 Acidobacteria D14 0
4 Acidobacteria D7 0
How comes i only get 0 values ??? I would expect the sum of all D0 for Acidobacteria and all D2 for Acidobacteria and so on
> sum(temp[,colnames(temp) =="D0"])
[1] 16.97613
1 Acidobacteria D0 16.97613
2 Acidobacteria D2 60.9779
3 Acidobacteria D14 83.99975
4 Acidobacteria D7 83.99975
The output you're looking for requires a three-stage process: 1) rename the variables, 2) melt the data, 3) aggregate the data. We do this with the dplyr and tidyr packages (or reshape2 if you're keen on that package).
library(dplyr)
library(tidyr)
temp <- structure(list(D0 = 0, D2 = 0, D14 = 0, D14 = 0, D14 = 8.1210458037618,
D14 = 16.4531432694911, D7 = 0, D0 = 0, D0 = 0, D14 = 0,
D0 = 0, D14 = 0, D7 = 12.9742361276578, D0 = 9.38010319990484,
D14 = 6.35545262547878, D2 = 0, D14 = 1.35569798573994, D7 = 13.340409178823,
D2 = 9.36805417941219, D2 = 15.432692223528, D14 = 0, D0 = 0,
D14 = 0, D7 = 6.09471835659014, D7 = 0, D2 = 0, D2 = 7.67135586471563,
D14 = 28.1073822991286, D14 = 0, D2 = 7.58819062711938, D7 = 0,
D0 = 1.5735281713825, D0 = 0, D7 = 1.86165503278318, D7 = 5.35571350639711,
D2 = 2.47400939410094, D14 = 21.3059220365934, D0 = 0, D7 = 8.69569412672166,
D0 = 0, D14 = 0, D2 = 0.531180424946459, D0 = 3.42867314180642,
D0 = 0, D2 = 0, D14 = 0, D7 = 0.775767964360802, D0 = 2.59382750787083,
D7 = 0.600664752805997, D2 = 7.35512462974749, D14 = 2.30110773119572,
D7 = 3.23850639812659, D0 = 0, D7 = 0.958981742285896, D2 = 3.84623208865623,
D2 = 2.70323099283864, D7 = 1.65260222673919, D0 = 0, D2 = 4.00782923944589,
D7 = 5.65802187007992, D0 = 0, D0 = 0, D7 = 0, phylum = structure(1L, .Label = "Acidobacteria", class = "factor")), row.names = 14L, class = "data.frame")
# Append a suffix to the column names to make them unique
names(temp) = paste0(names(temp), '_', 1:ncol(temp))
# Melt the data
temp = gather(temp, key='variable', value='value', -phylum_64)
# Could alternatively use melt(temp, id='phylum_64')
# Remove the suffixes from the column names
temp$variable = gsub('_\\d+', '', temp$variable)
# Group by the prior column names and sum the values
temp = temp %>%
group_by(variable) %>%
summarise(value = sum(value))
variable value
1 D0 16.97613
2 D14 83.99975
3 D2 60.97790
4 D7 61.20697