I keep getting the following error when trying to run metaMDS() from the vegan package:
my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)
Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N * :
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"
I have tried:
1. searching online for this error - which yields zero results
2. reducing the size of my data frame to 17 rows and 12 columns
3. clearing all packages from Global Environment to eliminate potential package conflicts
4. specifying vegan::metaMDS
Nothing has worked. Can you help provide a solution to this error?
Example data is here:
structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667,
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333,
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75,
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333,
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25,
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333,
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333,
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667, 7.66666666666667,
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667,
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273,
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667,
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5,
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333,
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667,
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667,
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25,
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667,
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667, 2.66666666666667,
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 = c(0.0833333333333333,
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333,
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333, 0.208333333333333,
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667,
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5, 2.45833333333333,
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333,
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375,
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75, 1.20833333333333,
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667,
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667,
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333,
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333,
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667,
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25, 0.291666666666667,
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 = c(0.166666666666667,
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333,
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909,
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333,
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125,
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667,
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667,
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667,
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1",
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6",
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11",
"Species_12"))
Session info:
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0 MASS_7.3-47 vegan_2.4-3 lattice_0.20-35 permute_0.9-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.10 assertthat_0.2.0 grid_3.4.0 R6_2.2.0 nlme_3.1-131 DBI_0.6-1
[7] magrittr_1.5 lazyeval_0.2.0 Matrix_1.2-10 tools_3.4.0 parallel_3.4.0 compiler_3.4.0
[13] cluster_2.0.6 mgcv_1.8-17 tibble_1.3.0
Re-install vegan. R version 3.4.0 is binary-incompatible with R 3.3.x and all packages with compiled code must be re-installed in R 3.4.0.